A coleção de Fungos do Herbário ALCB é a segunda maior de macrofungos da Bahia, com aproximadamente 700 exsicatas depositadas. A Coleção inicial de fungos foi proveniente do acervo da antiga Faculdade de Medicina do Terreiro de Jesus e do acervo de Farmácia. Em 1994, o Dr. Aristóteles Góes Neto contribuiu com a organização da coleção e fez sua monografia com material proveniente da coleção (Diagnóstico da Biodiversidade de Macromicetos do Estado da Bahia: Evolução histórica e situação atual). O acervo é constituído atualmente, em sua maior parte, por macrofungos provenientes do estado da Bahia, e possui uma coleção histórica do Pe. Camille Torrend. O material desta coleção já foi utilizado para publicar artigos científicos, material de estudo por alunos de iniciação científica, assim como serviu de base para a formação de mestres e doutores.